[분석 전략] De novo Sequencing vs Database Search vs Hybrid: 최적의 펩타이드 식별 방법 선택 가이드 LC-MS/MS 기반 proteomics에서 펩타이드 서열을 규명하는 방법은 크게 세 가지로 나눌 수 있습니다. 이 글은 De novo sequencing의 원리가 아닌, LC-MS/MS에서 어떤 분석 방법(Database search, De novo, Hybrid)을 선택해야 하는지에 대한 전략 가이…
MS/MS 드노보 시퀀싱(De novo Sequencing) 원리: b/y Ion 기반 펩타이드 서열 복원 드노보 시퀀싱(De novo Sequencing)의 핵심은 데이터베이스(Database)에 의존하지 않고, MS/MS 스펙트럼의 파편화 패턴(Fragmentation pattern)만을 이용하여 펩타이드 서열을 직접 재구성하는 것입니다. 이 과정의 중심에는 펩타이드 backbone이 절단되며 생성되는 b-ion과 y-ion serie…
MS/MS 및 LC-MS/MS De novo Sequencing 원리 (Database Search 차이) MS/MS(또는 LC-MS/MS) 기반의 드노보 시퀀싱 (De novo Sequencing)은 LC-MS/MS 기반 proteomics 분석에서 가장 핵심적인 목표는 펩타이드 서열(peptide sequence)을 정확하게 규명하는 것입니다. 일반적으로 Mascot, Sequest와 같은 database search 기반 방법이 널리 사…