Proteomics에서 Target-Decoy Approach와 FDR(False Discovery Rate) 계산 원리
왜 LC-MS/MS Proteomics에서는 False Positive가 반드시 발생할까? Shotgun proteomics에서는 수천~수백만 개의 MS/MS 스펙트럼을 거대한 단백질 DB와 비교하여 peptide를 동정합니다. 하지만 여기에는 근본적인 통계 문제가 존재합니다. 모든 Peptide-Spectrum Match(PSM)가 진짜는 아닙니다. MS/MS 스펙트럼이 다음과 같은 상황에서 생성되더라도: 노이즈 Co-iso…