LC-MS/MS & Proteomics 분석 전체 가이드 : 이 페이지는 LC-MS/MS 기반 proteomics 분석을 체계적으로 이해하기 위한 통합 가이드입니다. 질량분석의 기본 원리부터 peptide identification, fragmentation 메커니즘, 데이터 해석 전략, 그리고 문제 해결까지 흐름을 단계별로 정리했습니다. LC-MS/MS 분석은 단순한 장비 이해를 넘어 isotope pattern, fragmentation, database search, FDR 개념까지 통합적으로 이해…
SMILES 기반 In-silico Fragmentation과 실측 MS/MS 매칭 (실전 예시) 아래 결과는 SMILES 구조를 기반으로 생성된 이론적 fragment와, 실제 LC-MS/MS에서 측정된 스펙트럼을 비교한 예시입니다. 본 분석은 단순한 mass matching이 아니라, 다음의 통합 과정을 통해 수행되었습니다. 1. 구조 기반 Fragmentation 예측 입력: SMILES (펩타이드 구조 포함) : 펩타이드는 펩타이…
SMILES란 무엇인가: 질량분석에서 구조와 MS/MS Fragmentation을 이해하는 방법 1. SMILES의 정의와 질량분석에서의 의미 SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)는 복잡한 화학 구조를 한 줄의 텍스트 문자열로 표현하는 표준 규약 입니다. 단순히 이름을 대신하는 것이 아니라, 원자의 종류, 연결 순서, 결합 정보가 모두 포함된 구조 데이터 입니다. 예: Ethanol →…
Mascot에서 높은 점수인데도 틀린 경우 (MS/MS 해석 실전) MS/MS 스펙트럼은 좋아 보이는데 왜 잘못된 매칭이 나올까? + CRAP(cRAP: Common Repository of Adventitious Proteins) contamination까지 포함한 분석 1. 문제 상황 LC-MS/MS 분석에서 Mascot 검색 결과를 보면 높은 score를 가진 peptide가 나오는 경우가 많습니다. 하지만 실제로는 다음과 같은 문제가 …
Mascot 검색 전에 반드시 해야 하는 MGF 데이터 QC 왜 필요한가 + 실전에서 확인해야 할 5가지 핵심 포인트 (상세 가이드) 1. 왜 MGF QC가 중요한가 (실무 관점) 실전 MGF 데이터 QC 구동 화면. Mascot 검색 전, 펩타이드 태그(Tag) 분석과 전하 상태(Charge) 일관성, 아미노산 조성 등을 미리 파악하여 데이터의 품질을 판단하고 불량 스펙트럼을 사전에 필터링합니다 (Willy's LCMS 프로그램 일부…
LC-MS/MS에서 자주 사용되는 Diagnostic Ion Top 100 (Small Molecule 구조 해석 실전 가이드) LC-MS/MS 기반 small molecule 분석에서 구조를 해석하는 가장 강력한 도구는 diagnostic ion 입니다. Precursor ion은 분자량 정보를 제공하지만, fragment ion은 다음과 같은 정보를 제공합니다: 👉 특정 functional group 👉 substructure 👉 f…
LC-MS에서 자주 등장하는 Fragment Ion Top 50 (소분자 -Small Molecule 구조 해석 가이드) LC-MS/MS 분석에서 정확한 질량(m/z) 측정만큼 중요한 것이 바로 Fragment Ion(파편 이온) 패턴 입니다. Precursor ion이 화합물의 분자량 정보를 제공한다면, Fragment ion은 화합물의 실제 구조를 결정짓는 '부분 구조(Substructure)'의 단서 가 되기 때문입니다.…
LC-MS/MS에서 SMILES란 무엇인가: 펩타이드 구조 해석과 활용 방법 LC-MS/MS 분석에서 SMILES는 무엇이며, 실제로 어떻게 사용될까요? SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)는 분자의 구조를 텍스트로 표현하는 방식으로, LC-MS/MS에서 얻은 질량 데이터(m/z)와 화학 구조를 연결하는 데 사용됩니다. LC-MS/MS 기반 proteomics 분석은 질량 정보를 중심으…
MALDI TOF vs LC-MS/MS ( ESI vs MALDI ) 비교: 적용 분야와 선택 기준 정리 Proteomics 분석에서 가장 널리 사용되는 질량분석 방법은 LC-MS/MS와 MALDI-TOF입니다. 두 기술은 모두 펩타이드 및 단백질 분석에 사용되지만, 이온화 방식, 데이터 구조, 분석 목적, 해석 방법 등에서 근본적인 차이를 가집니다. 이 글에서는 LC-MS/MS를 중심으로 이해하고 있는 사용자 입장에서 MALDI-TOF가 어…
MALDI TOF/TOF MS/MS 원리: PSD와 CID의 차이 및 Proteomics 분석 MALDI-TOF는 빠르고 단순한 질량 측정에 매우 적합하지만, 기본적으로는 분자량 확인 중심의 기술입니다. Proteomics와 같이 서열 정보가 필요한 분석 에서는 단순 MS만으로는 충분하지 않으며, 이때 사용되는 것이 MALDI TOF/TOF 입니다. MALDI TOF/TOF는 MALDI 기반에서 MS/MS 분석을 가능하게 하는 구조로, LC-…
[분석 전략] De novo Sequencing vs Database Search vs Hybrid: 최적의 펩타이드 식별 방법 선택 가이드 LC-MS/MS 기반 proteomics에서 펩타이드 서열을 규명하는 방법은 크게 세 가지로 나눌 수 있습니다. 이 글은 De novo sequencing의 원리가 아닌, LC-MS/MS에서 어떤 분석 방법(Database search, De novo, Hybrid)을 선택해야 하는지에 대한 전략 가이…