LC-MS/MS 시스템은 매우 민감한 고정밀 분석 장비입니다. 많은 사용자가: 질량 정확도(Mass Accuracy) 감도(Sensitivity) [참고 : Why LC-MS Sensitivity Gradually Decreases (감도 저하 원인) ] 분리능(Resolution) 크로마토그래피 조건 에 집중하지만, 실제 현장에서는 실험실 환경 조건 또한 장비 안정성과 수명에 매우 큰 영향을 줍니다. 실제로 많은 LC-MS 장애는 장비 …
Ion Optics 오염과 Temporary Tuning Strategy LC-MS를 장기간 사용하다 보면 가장 흔하게 발생하는 문제 중 하나가 sensitivity 감소(감도 저하) 와 resolution 악화입니다. 대표적인 증상은 다음과 같습니다. 전체 signal intensity 감소 TIC 감소 calibration instability peak broadening isotope pattern 품질 저하 low…
LC-MS/MS 기반 proteomics 분석에서 이상하게 fragment ion이 너무 많거나, 서로 맞지 않는 b/y ion ladder (fragment ion series continuity) 가 동시에 나타나는 경우가 있습니다. 또는 Mascot score는 높은데 실제로는 peptide sequence가 맞지 않는 상황도 발생합니다. 이러한 문제의 가장 흔한 원인 중 하나가 바로: Chimeric Spectrum 입니다. …
Mascot에서 높은 점수인데도 틀린 경우 (MS/MS 해석 실전) MS/MS 스펙트럼은 좋아 보이는데 왜 잘못된 매칭이 나올까? + CRAP(cRAP: Common Repository of Adventitious Proteins) contamination까지 포함한 분석 1. 문제 상황 LC-MS/MS 분석에서 Mascot 검색 결과를 보면 높은 score를 가진 peptide가 나오는 경우가 많습니다. 하지만 실제로는 다음과 같은 문제가 …
Mascot 검색 전에 반드시 해야 하는 MGF 데이터 QC 왜 필요한가 + 실전에서 확인해야 할 5가지 핵심 포인트 (상세 가이드) 1. 왜 MGF QC가 중요한가 (실무 관점) 실전 MGF 데이터 QC 구동 화면. Mascot 검색 전, 펩타이드 태그(Tag) 분석과 전하 상태(Charge) 일관성, 아미노산 조성 등을 미리 파악하여 데이터의 품질을 판단하고 불량 스펙트럼을 사전에 필터링합니다 (Willy's LCMS 프로그램 일부…