SMILES 기반 In-silico Fragmentation과 실측 MS/MS 매칭 (실전 예시) 아래 결과는 SMILES 구조를 기반으로 생성된 이론적 fragment와, 실제 LC-MS/MS에서 측정된 스펙트럼을 비교한 예시입니다. 본 분석은 단순한 mass matching이 아니라, 다음의 통합 과정을 통해 수행되었습니다. 1. 구조 기반 Fragmentation 예측 입력: SMILES (펩타이드 구조 포함) : 펩타이드는 펩타이…
SMILES란 무엇인가: 질량분석에서 구조와 MS/MS Fragmentation을 이해하는 방법 1. SMILES의 정의와 질량분석에서의 의미 SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)는 복잡한 화학 구조를 한 줄의 텍스트 문자열로 표현하는 표준 규약 입니다. 단순히 이름을 대신하는 것이 아니라, 원자의 종류, 연결 순서, 결합 정보가 모두 포함된 구조 데이터 입니다. 예: Ethanol →…
Mascot 검색 전에 반드시 해야 하는 MGF 데이터 QC 왜 필요한가 + 실전에서 확인해야 할 5가지 핵심 포인트 (상세 가이드) 1. 왜 MGF QC가 중요한가 (실무 관점) 실전 MGF 데이터 QC 구동 화면. Mascot 검색 전, 펩타이드 태그(Tag) 분석과 전하 상태(Charge) 일관성, 아미노산 조성 등을 미리 파악하여 데이터의 품질을 판단하고 불량 스펙트럼을 사전에 필터링합니다 (Willy's LCMS 프로그램 일부…
LC-MS/MS에서 자주 사용되는 Diagnostic Ion Top 100 (Small Molecule 구조 해석 실전 가이드) LC-MS/MS 기반 small molecule 분석에서 구조를 해석하는 가장 강력한 도구는 diagnostic ion 입니다. Precursor ion은 분자량 정보를 제공하지만, fragment ion은 다음과 같은 정보를 제공합니다: 👉 특정 functional group 👉 substructure 👉 f…
LC-MS에서 자주 등장하는 Fragment Ion Top 50 (소분자 -Small Molecule 구조 해석 가이드) LC-MS/MS 분석에서 정확한 질량(m/z) 측정만큼 중요한 것이 바로 Fragment Ion(파편 이온) 패턴 입니다. Precursor ion이 화합물의 분자량 정보를 제공한다면, Fragment ion은 화합물의 실제 구조를 결정짓는 '부분 구조(Substructure)'의 단서 가 되기 때문입니다.…
LC-MS/MS에서 SMILES란 무엇인가: 펩타이드 구조 해석과 활용 방법 LC-MS/MS 분석에서 SMILES는 무엇이며, 실제로 어떻게 사용될까요? SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)는 분자의 구조를 텍스트로 표현하는 방식으로, LC-MS/MS에서 얻은 질량 데이터(m/z)와 화학 구조를 연결하는 데 사용됩니다. LC-MS/MS 기반 proteomics 분석은 질량 정보를 중심으…
[분석 전략] De novo Sequencing vs Database Search vs Hybrid: 최적의 펩타이드 식별 방법 선택 가이드 LC-MS/MS 기반 proteomics에서 펩타이드 서열을 규명하는 방법은 크게 세 가지로 나눌 수 있습니다. 이 글은 De novo sequencing의 원리가 아닌, LC-MS/MS에서 어떤 분석 방법(Database search, De novo, Hybrid)을 선택해야 하는지에 대한 전략 가이…