LC-MS/MS

Top-down vs Bottom-up Proteomics

Sequence Coverage, Proteoform, ETD/ECD 그리고 Deconvolution의 진짜 의미 Proteomics(단백체학)에서 가장 널리 사용되는 분석 전략은 크게 두 가지입니다. Bottom-up Proteomics Top-down Proteomics 둘 다 LC-MS/MS 기반 기술이지만, 실제로는 “무엇을 관측하는가” 자체가 완전히 다릅니다. 특히 최근에는: Proteoform 분석 PTM conne…

Willy's•

Proteomics에서 Target-Decoy Approach와 FDR(False Discovery Rate) 계산 원리

왜 LC-MS/MS Proteomics에서는 False Positive가 반드시 발생할까? Shotgun proteomics에서는 수천~수백만 개의 MS/MS 스펙트럼을 거대한 단백질 DB와 비교하여 peptide를 동정합니다. 하지만 여기에는 근본적인 통계 문제가 존재합니다. 모든 Peptide-Spectrum Match(PSM)가 진짜는 아닙니다. MS/MS 스펙트럼이 다음과 같은 상황에서 생성되더라도: 노이즈 Co-iso…

Willy's•
게시물 더보기
검색결과 없음