액체크로마토그래피 질량분석법(LC-MS)은 복잡한 시료를 분석하는 데 매우 강력한 분석 기술입니다. LC에서는 화합물을 Retention Time 에 따라 분리하고, 질량분석기에서는 이온의 m/z(mass-to-charge ratio) 를 측정합니다. MS/MS를 사용하면 생성된 fragment ion을 분석하여 분자의 구조나 펩타이드 서열에 대한 추가적인 정보를 얻을 수 있습니다. 그런데 복잡한 시료를 분석하다 보면 한 가지 문제가 생깁니다…
LC-MS를 공부하거나 프로테오믹스(Proteomics)를 접해본 사람이라면 BSA(Bovine Serum Albumin, Bovine Serum Albumin, 소 혈청 알부민) 라는 이름을 한 번쯤은 들어보셨을 것입니다. BSA는 생화학과 질량분석 분야에서 가장 널리 사용되는 표준 단백질 가운데 하나입니다. 단백질 정량 실험부터 효소 반응의 안정화, 질량분석기 성능 평가, LC-MS Calibration까지 다양한 용도로 사용되며, 연구…
현대 LC-MS/MS 분석은 단순히 precursor m/z 값을 측정하는 수준을 넘어, 분자의 구조(Structure)와 fragmentation chemistry를 함께 해석하는 방향으로 발전하고 있습니다. 특히 small molecule 분석에서는 단순 peak list 만으로는 다음과 같은 문제를 해결하기 어렵습니다. 왜 특정 fragment ion이 생성되는가? 어떤 결합이 preferentially cleavage 되는가…
MS1 Peak Intensity 기반 정량과 Spectral Counting 방식 비교 Proteomics LC-MS/MS 분석에서는 단백질의 존재 여부만 확인하는 것이 아니라, 샘플 간 단백질 abundance 차이를 비교하는 정량 분석이 매우 중요합니다. 예를 들어: 질병군 vs 정상군 약물 처리 전후 세포주 간 발현 차이 시간 경과에 따른 proteome 변화 등을 분석하기 위해서는 단백질 abundance를 정…