SMILES 기반 In-silico Fragmentation과 실측 MS/MS 매칭 (실전 예시) 아래 결과는 SMILES 구조를 기반으로 생성된 이론적 fragment와, 실제 LC-MS/MS에서 측정된 스펙트럼을 비교한 예시입니다. 본 분석은 단순한 mass matching이 아니라, 다음의 통합 과정을 통해 수행되었습니다. 1. 구조 기반 Fragmentation 예측 입력: SMILES (펩타이드 구조 포함) : 펩타이드는 펩타이…
SMILES란 무엇인가: 질량분석에서 구조와 MS/MS Fragmentation을 이해하는 방법 1. SMILES의 정의와 질량분석에서의 의미 SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)는 복잡한 화학 구조를 한 줄의 텍스트 문자열로 표현하는 표준 규약 입니다. 단순히 이름을 대신하는 것이 아니라, 원자의 종류, 연결 순서, 결합 정보가 모두 포함된 구조 데이터 입니다. 예: Ethanol →…
LC-MS/MS에서 자주 사용되는 Diagnostic Ion Top 100 (Small Molecule 구조 해석 실전 가이드) LC-MS/MS 기반 small molecule 분석에서 구조를 해석하는 가장 강력한 도구는 diagnostic ion 입니다. Precursor ion은 분자량 정보를 제공하지만, fragment ion은 다음과 같은 정보를 제공합니다: 👉 특정 functional group 👉 substructure 👉 f…
LC-MS/MS에서 SMILES란 무엇인가: 펩타이드 구조 해석과 활용 방법 LC-MS/MS 분석에서 SMILES는 무엇이며, 실제로 어떻게 사용될까요? SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)는 분자의 구조를 텍스트로 표현하는 방식으로, LC-MS/MS에서 얻은 질량 데이터(m/z)와 화학 구조를 연결하는 데 사용됩니다. LC-MS/MS 기반 proteomics 분석은 질량 정보를 중심으…