LC-MS/MS & Proteomics 분석 전체 가이드 : 이 페이지는 LC-MS/MS 기반 proteomics 분석을 체계적으로 이해하기 위한 통합 가이드입니다. 질량분석의 기본 원리부터 peptide identification, fragmentation 메커니즘, 데이터 해석 전략, 그리고 문제 해결까지 흐름을 단계별로 정리했습니다. LC-MS/MS 분석은 단순한 장비 이해를 넘어 isotope pattern, fragmentation, database search, FDR 개념까지 통합적으로 이해…
LC-MS/MS 시스템은 매우 민감한 고정밀 분석 장비입니다. 많은 사용자가: 질량 정확도(Mass Accuracy) 감도(Sensitivity) [참고 : Why LC-MS Sensitivity Gradually Decreases (감도 저하 원인) ] 분리능(Resolution) 크로마토그래피 조건 에 집중하지만, 실제 현장에서는 실험실 환경 조건 또한 장비 안정성과 수명에 매우 큰 영향을 줍니다. 실제로 많은 LC-MS 장애는 장비 …
Sequence Coverage, Proteoform, ETD/ECD 그리고 Deconvolution의 진짜 의미 Proteomics(단백체학)에서 가장 널리 사용되는 분석 전략은 크게 두 가지입니다. Bottom-up Proteomics Top-down Proteomics 둘 다 LC-MS/MS 기반 기술이지만, 실제로는 “무엇을 관측하는가” 자체가 완전히 다릅니다. 특히 최근에는: Proteoform 분석 PTM conne…
왜 LC-MS/MS Proteomics에서는 False Positive가 반드시 발생할까? Shotgun proteomics에서는 수천~수백만 개의 MS/MS 스펙트럼을 거대한 단백질 DB와 비교하여 peptide를 동정합니다. 하지만 여기에는 근본적인 통계 문제가 존재합니다. 모든 Peptide-Spectrum Match(PSM)가 진짜는 아닙니다. MS/MS 스펙트럼이 다음과 같은 상황에서 생성되더라도: 노이즈 Co-iso…