LC-MS/MS 기반 proteomics 분석에서 이상하게 fragment ion이 너무 많거나, 서로 맞지 않는 b/y ion ladder (fragment ion series continuity) 가 동시에 나타나는 경우가 있습니다. 또는 Mascot score는 높은데 실제로는 peptide sequence가 맞지 않는 상황도 발생합니다. 이러한 문제의 가장 흔한 원인 중 하나가 바로: Chimeric Spectrum 입니다. …
SMILES 기반 In-silico Fragmentation과 실측 MS/MS 매칭 (실전 예시) 아래 결과는 SMILES 구조를 기반으로 생성된 이론적 fragment와, 실제 LC-MS/MS에서 측정된 스펙트럼을 비교한 예시입니다. 본 분석은 단순한 mass matching이 아니라, 다음의 통합 과정을 통해 수행되었습니다. 1. 구조 기반 Fragmentation 예측 입력: SMILES (펩타이드 구조 포함) : 펩타이드는 펩타이드…
SMILES란 무엇인가: 질량분석에서 구조와 MS/MS Fragmentation을 이해하는 방법 1. SMILES의 정의와 질량분석에서의 의미 SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry System)는 복잡한 화학 구조를 한 줄의 텍스트 문자열로 표현하는 표준 규약 입니다. 단순히 이름을 대신하는 것이 아니라, 원자의 종류, 연결 순서, 결합 정보가 모두 포함된 구조 데이터 입니다. 예: Ethanol →…
LC-MS/MS에서 자주 사용되는 Diagnostic Ion Top 100 (Small Molecule 구조 해석 실전 가이드) LC-MS/MS 기반 small molecule 분석에서 구조를 해석하는 가장 강력한 도구는 diagnostic ion 입니다. Precursor ion은 분자량 정보를 제공하지만, fragment ion은 다음과 같은 정보를 제공합니다: 👉 특정 functional group 👉 substructure 👉 f…
LC-MS에서 자주 등장하는 Fragment Ion Top 50 (소분자 -Small Molecule 구조 해석 가이드) LC-MS/MS 분석에서 정확한 질량(m/z) 측정만큼 중요한 것이 바로 Fragment Ion(파편 이온) 패턴 입니다. Precursor ion이 화합물의 분자량 정보를 제공한다면, Fragment ion은 화합물의 실제 구조를 결정짓는 '부분 구조(Substructure)'의 단서 가 되기 때문입니다.…